Mokslo ir verslo institucijų darbuotojų interesų nesuderinimą taip pat patvirtina ir C. Margerisono bei K. Elliotto atlikti sociologiniai tyrimai (Elliott, Margerison, 1990).
Interesų nesuderinimo tarp mokslo ir verslo atstovų problemos sprendimo būdai:
1. Bendro supratimo derinimas, naudojant mokymo programas;
2. Organizacinių struktūrų, padedančių garantuoti glaudų bendradarbiavimą tarp mokslo ir verslo atstovų, kūrimas;
3. Mokslo ir verslo institucijų personalo perskirstymas bei sujungimas formuojant atskiros ūkio šakos vystymo strategiją ir ilgalaikius tikslus.
Kita svarbi inovacinės veiklos valdymo problema – šios veiklos dalyvių pasipriešinimas inovacijoms. Inovacinė veikla išreiškia pasikeitimus. Tai galima traktuoti kaip pavojų žmonėms, susijusiems su šia veikla. Praktikoje gana dažnai pasireiškia, kad organizacijų vadovai, planuojantys inovacinius pokyčius, naiviai galvoja, jog paprastas informavimas apie pokyčių būtinumą ir atitinkami įsakymai leis pasiekti norimų rezultatų. Atlikti tyrimai parodė, kad pasipriešinimas kaitai pasireiškia kiekvienoje organizacijoje – ir ypač stipriai, jei pokyčiai įgyvendinami prievarta.
Pabrėžtina ir tai, kad inovaciniam klimatui turi įtakos inovacinės veiklos apimtys, o tai patvirtina mintį, kad inovacinės veiklos organizavimą dera sutelkti kuo mažesniuose struktūriniuose padaliniuose.
Be to, inovacinės veiklos sėkmei didelę įtaką turi vadovaujančio personalo kvalifikacija ir patirtis. Patirtis rodo, kad inovacinės veiklos įgyvendinimo sąlygos tokios, kad sėkmė gali būti pasiekta tik tuo atveju, jei inovacinei veiklai vadovauja kvalifikuotas vadovas, iškeliantis projekto sėkmę aukščiau visko, galintis rizikuoti ne tik savo karjera, bet ir aukoti savo interesus. Tai pat šiais tyrimais nustatyta labai didelė koreliacija tarp bendro inovacinės veiklos efektyvumo, mokslininkų ir inžinierių kvalifikacijos, valdymo kokybės ir vadovų požiūrio į inovacijas. Tokį vadovą galima lyginti su verslininku, kuris yra aukštos kvalifikacijos, sugebantis rizikuoti ir veiklos žmogus.
Praktikoje nustatyta, kad verslininkas – tai centrinė inovacinės veiklos sėkmės figūra tiek stambiose, tiek mažesnėse įmonėse; visi sėkmingi inovaciniai projektai turėjo bent vieną sumanų ir kvalifikuotą lyderį, nebuvo nė vieno sėkmingo projekto, už kurio nestovėtų iškili asmenybė. Minėti tyrimai leido nustatyti šias verslininkų – inovacinės veiklos vadovų – charakteristikas:
1. 50 % verslininkų kilę iš šeimų, kurių tėvai turėjo nuosavą verslą;
2. Vidutinis jų išsilavinimo lygis atitinka magistro laipsnį;
3. Vidutinis amžius – 30 metų;
4. Jie jau anksčiau dalyvavo inovacinėje veikloje.
Remiantis šiais tyrimais, galima daryti išvadą, kad viena iš svarbiausių inovacinės veiklos valdymo problemų – žema verslininkų kvalifikacija ir aktyvumas dalyvaujant inovacinėje veikloje. Verslininkų svarbą inovacinei veiklai patvirtina ir inovacinės veiklos klasifikavimas pagal jos dalyvius (Melnikas, Jakubavičius, Strazdas, 2000).
W. Reekie išskiria veiksnius, turinčius įtakos visuminei inovacinės veiklos sėkmei:
1. Inovacinės veiklos vadovas – kvalifikuotas, kompetentingas, turintis atitinkamą valdžią žmogus;
2. Kiti darbuotojų tipai, pasižymintys išskirtiniais gabumais;
3. Tiksliai nustatyti poreikiai;
4. Inovacijos potencialios naudos realizacija;
5. Gera kooperacija;
6. Išteklių pakankamumas;
7. Vyriausybės parama.
Galima teigti, kad inovacinė veikla įgyvendinama sėkmingiau, jei:
1. Inovacijų vykdytojai geriau supranta vartotojų poreikius;
2. Daugiau dėmesio skiriama rinkotyrai;
3. Darbai atliekami efektyviau, bet nebūtinai greičiau;
4. Geriau panaudojamos konsultacijos iš šalies;
5. Už inovacinio projekto įgyvendinimą atsakingi asmenys yra ganėtinai kvalifikuoti ir užima gana aukštus postus.
Pastebėtina, kad inovacinė veikla dažniausiai organizuojama stichiškai ir nėra valdoma programiniu pagrindu. Tai akcentuojama daugelyje mokslinių darbų (Ansoff, 1982, Evans, 1987). Pabrėžiama, kad inovacinė veikla turi būti valdoma remiantis jos programavimu. Tai pagrįsta tuo, kad organizacijos, sudarydamos strateginius planus, juose numato gamybos, pardavimo apimtis bei pelną keleriems metams į priekį, todėl laikui bėgant tarp reikiamo bei gaunamo pelno atsiranda atotrūkis, šią spragą turi užpildyti inovacijos, naujos rinkos ar diversifikacija.
Pabrėžtina, kad kiekviena inovacinė veikla yra sietina su rizika. Norint priimti sprendimą dėl pasirinktos inovacinės veiklos, reikia realiai įvertinti stiprybes ir silpnybes puses. Tam tikslui taikytinas siūlymas vertinti inovacinės veiklos potencialą, remiantis šiomis parametrų grupėmis (Twiss, 1989):
–    ištekliai;
–    įrengimai;
–    mokslinė-techninė patirtis;
–    personalas;
–    praktinės patirties efektyvumas.
Inovacijos įgyvendinimo rizikos veiksnius galima suskirstyti į tris pagrindines grupes:
1.    Techninis-technologinis sprendimas (techninis-technologinis neapibrėžtumas). Inovacinis projektas gali nepasisekti, jei jo įgyvendinti neįmanoma techniškai;
2.    Rinka (rinkos neapibrėžtumas). Įgyvendinant inovacinį projektą sukuriamas produktas, kurio nereikia vartotojams (pasikeitė vartotojų poreikiai, per ilgai užtruko projekto įgyvendinimas, konkurentai pasiūlė geresnių produktų ir pan.). Pasikeitė valstybės politika (mokesčiai, įstatymai, ekologijos reikalavimai);
3.    Personalas (proceso neapibrėžtumas). Personalas, dalyvaujantis inovacijos įgyvendinimo procese, yra nepakankamai kvalifikuotas ir motyvuotas. Vadovai nesugeba tinkamai valdyti inovacijų diegimo procesų.
Apibendrinant inovacinės veiklos valdymo problematiką, išskirtinos šios spręstinų problemų grupės:
1. Verslo ir mokslo interesų nesuderinimas;
2. Inovacinės veiklos dalyvių pasipriešinimas inovacijoms;
3. Prasta inovacinės veiklos dalyvių kvalifikacija.